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大型亚力克鱼缸通常内置过滤系统：过滤棉、生物棉、玻璃环和活性炭。由于亚克力水族箱过滤系统可以保护清洗系统内的细菌，大型亚克力鱼缸的密封性能和安装比较复杂，如果多次清洗不利于保护清洗系统，水质工作对其完成就可以甚至，当定制大型亚克力鱼缸时，选用的滤料要有良好的品质，还可以长期使用。
同时在清洗大型亚克力鱼缸的时候要注意频率，是一次性清洗，以免多次清洗造成硝化细菌的破坏，以及物理过滤大颗粒的固体残渣，所以只需在水中使用过滤棉处理，经过反复冲洗即可，但不能反复搓揉。不要使用直接冲洗，因为这将破坏硝化细菌和导致生物过滤的损失。
一般来说，我们鱼缸过滤的道屏障——白棉，是物理过滤。
刚刚我们已经讨论了物理过滤，接下来我们来谈谈生物过滤。生物过滤材料包括:陶瓷环、玻璃环、细菌屋、过滤球、石英球、藤棉等，均属于生物过滤材料。生物滤料是生物过滤的重要组成部分，生物滤料的主要功能是培养硝化细菌。硝化细菌可以将水中的有毒物质氨分解，将氨转化为毒性较小的盐，而盐在有氧的环境中会转化为几乎无毒的盐。同时，将氨转化为几乎无毒的盐的过程称为硝化作用。
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